威海市港航管理局原名为威海市航运管理处，成立于1988年3月，隶属于威海市交通委员会，1992年11月改为威海市航运管理局，为正县级事业单位，2005年8月更名为威海市港航管理局，内设办公室、政工办公室、港口科、运政科、安全监管科、计划财务科等6个职能科室，下辖威海港引航站（副处级事业单位），主要负责威海市辖区内的港政管理、水路运政管理和引航服务。
威海市港航管理局自成立以来，紧紧围绕市委、市政府提出的“以港兴市，以航促贸”的战略方针，坚持与时俱进，开拓创新，不断深化港航管理体制改革，加快对外开放步伐，积极培育多种经济成分并存、多种服务功能协调发展的港航市场，促进了全市港航业的持续、快速、健康发展。1990年威海在全国率先开通了中韩海上客货班轮航线，架起了中韩经贸往来的海上桥梁，为威海市经济社会的快速发展做出了积极的贡献。截至2007年底，全市有威海港、龙眼港、石岛港、张家埠港、乳山口港等17家有经营资质的港口码头。威海港、龙眼港、石岛港为国家一类开放口岸，张家埠港、乳山口港为国家二类开放口岸。拥有码头泊位56个，其中万吨级以上泊位19个，5000级泊位9个，年综合通过能力1874万吨，2007年全市港口货物吞吐量3180万吨，集装箱吞吐量45万标箱。全市有国内水运企业19家，其中省际水运企业14家，市内水运企业5家，水路运输服务企业40家，拥有各类营运船舶90艘、16.8万载重吨、4487客位。开通了威海至韩国、日本及东南亚等国家和地区的客货班轮航线、集装箱班轮航线20条，为海上客货运输创造了非常便利的条件。
威海港航管理局文明创建结出丰硕成果，局机关连续13年保持威海市市级“文明单位”，连续8年获山东省文明办和交通厅授予的“全省港航系统文明子行业”称号，2005年被山东省文明办表彰为“省级文明单位”。2005年全省港航系统被交通部表彰为“全国交通文明行业”。威海至刘公岛航线为山东省第一条“文明航线”，威海港客运站为部级“文明客运站”，石岛新港、龙眼港客运站为厅级“文明客运站”。全市港航系统行业安全管理也取得了明显成效，没有发生重特大安全事故，始终保持安全责任事故为零。
展望未来，全面实施“兴港强市”战略，“十一五”期间，新建、扩建码头泊位54个，万吨级以上泊位44个，新增船舶10万载重吨。到“十二五”，全市港口货物吞吐量过亿吨，集装箱超过100万标箱。继续扩大威海至日本、韩国、朝鲜等国家的海上客、货运输，发展威海与辽东半岛、朝鲜半岛的整车物流和火车轮渡项目。
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